Retrato de cuerpo entero, ataviado con traje doctoral e insignia de la Gran Cruz de la Orden de Carlos III sobre su pecho, ligeramente girado y en actitud de escribir sostiene con su mano derecha una pluma. A su lado una mesa vestida con hoja de papel, tintero con plumas, bonete y dos volúmenes de su obra De numis hebraeo samaritanis. Al fondo, columna sobre alto pedestal y ampuloso cortinaje acentúan la diagonal de la composición mientras se abre a la izquierda un paisaje marítimo. En el ángulo inferior derecho, caprichoso medallón barroco con larga inscripción.
Francisco Pérez Bayer (1711-1794), ambicioso erudito, lingüista y bibliófilo, fue bibliotecario del rey Carlos III y fundador por sus donaciones de la biblioteca del Estudi General, destruida en gran parte durante el bombardeo napoleónico de 1812.